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Un(e) Ingénieur(e) d’étude(H/F) – Plateforme d’histologie

Au sein de la plateforme d’histologie, l’ingénieur(e) d’étude aura en charge des expériences de transcriptomique spatiale. Elle/il réalisera les coupes de tissus, dédiées à cette technologie innovante d’analyse d’expression de gènes. Elle/il effectuera les expériences de transcriptomique spatiale sur des automates de dernière génération, et assurera le suivi et l’interprétation des expériences, en lien étroit avec les plateformes de génomique et de bio-informatiques de l’Institut du Cerveau. Elle/il devra être capable d’interagir avec les équipes de recherche et discuter les résultats en Anglais et en Français.

Missions principales

  • Assurer la préparation et la coupe de tissus pour les expériences de transcriptomique spatiale.
  • Réaliser les expériences d’immunohistochimie et/ou de colorations histologiques, nécessaires à la sélection de régions d’intérêt pour la transcriptomique spatiale
  • Mettre en place des workflows avancés pour la transcriptomique spatiale, par exemple : segmentation d’images, quantification de la distribution de transcrits et/ou protéines
  • Réaliser les premières analyses de standards des données de transcriptomique spatiale
  • Organiser et contrôler l’utilisation collective des appareillages et des postes de travail
  • Maintenir, répertorier et promouvoir les techniques de transcriptomique spatiale, sous la direction des responsables opérationnel et scientifique de la plateforme
  • Former les scientifiques à l’utilisation des techniques de transcriptomique spatiale et rédiger des procédures
  • Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d’analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi
  • Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques
  • Travailler en étroite collaboration avec les équipes scientifiques, la plateforme de génomique et d’analyse de données, pour mettre en œuvre des protocoles innovants permettant de localiser et de quantifier, de manière fines, l’expression de gènes ou de protéines.
  • Participer aux réunions de projet
  • Communiquer sur les avancées des techniques de transcriptomique spatial lors de conférences scientifiques (internes et externes) ou dans des journaux scientifiques
  • Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité et mettre en œuvre une démarche qualité et un suivi métrologique des équipements
  • Assurer la veille scientifique dans ce domaine émergeant

 

PROFIL:

  • Diplôme requis : Licence à Master ou équivalent
  • Expérience professionnelle acquise :  3 à 5 ans
  • Très bonnes connaissances en histologie (coupes, coloration histologiques et immunohistochimie), et en particulier de l’histologie du système nerveux
  • Très bonnes compétences en biologie moléculaire (ISH, RNAscope, FISH…)
  • Bonnes connaissances des techniques de génomique (extractions d’ARN, qPCR, RNAseq…)
  • Notion en analyse de données souhaitée mais non requise (langage R et /ou Python)
  • Très bonne capacité rédactionnelle et de communication scientifique (Anglais et Français)
  • Maîtrise des outils informatiques
  • Autonomie et rigueur
  • Excellente capacité d’organisation
  • Excellente capacité de travail en équipe multidisciplinaire

 

Un(e) post-doctorant(e) (H/F)

Matthieu Peyre, membre de l’équipe « Génétique et développement des tumeurs cérébrales » à l’Institut du Cerveau, cherche un/e chercheur/se post-doctorant/e intéressé/e par un projet translationnel sur les cavernomes cérébraux pour lequel il sera en autonomie. Ce projet financé par l’ANR qui consiste à créer de nouveaux modèles souris génétiquement modifiés de cavernomes sporadiques, à en réaliser l’évaluation pré-clinique, tout en réalisant en parallèle une étude clinique, radiologique et moléculaire sur les cavernomes humains. Ce projet fait suite à un premier travail publié dans le New England Journal of Medicine en 2021 et repose sur une double expertise en modélisation animale et génétique humaine. Ce poste de post-doctorant d’une durée de 36 mois débuterait le 01/01/2023.

 

Missions principales

  • Création et caractérisation de modèles souris génétiquement modifiés innovants de cavernomes cérébraux
  • Etude pré-clinique chez la souris
  • Projet humain d’analyse single cell et de machine learning théranostique     

  

Savoir-faire

  • Maîtrise des techniques de base d’expérimentation animale (anesthésie, chirurgie, traitements)
  • Maîtrise des techniques de base de biologie moléculaire (multi-omics, ddPCR) et culture cellulaire
  • Maîtrise des techniques d’analyses statistiques avec le logiciel R

Savoir

  • Doctorat en Oncologie ou Neurosciences ou équivalent
  • Formation à l’expérimentation animale (niveau 1 et niveau de chirurgie souhaitable)
  • Connaissances approfondies en modèles souris génétiquement modifiés
  • Connaissances en biologie moléculaire et notamment multi-omics et single cell
  • Connaissance des techniques d’immunohistochimie, microscopie, analyse d’images
  • Maîtrise de l’anglais écrit et parlé

Savoir-être

  •  Autonomie, sens de l’initiative, sens du contact
  • Capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire (biologistes, médecins) et international 

Un(e) neurologue PH (H/F)

L’Institut du cerveau est un centre de recherche totalement dédié à la recherche sur les maladies neurologiques et neurodégénératives, qui comprend en son sein des cliniciens chercheurs, des chercheurs en neuroscience et fondamentaux. L’institut s’appuie sur des ressources exceptionnelles dans les domaines de la neuro-imagerie, de la génétique, des neurosciences cognitives, de la biologie, de l’électrophysiologie. L’équipe travaille sur les démences dégénératives, en particulier sur les démences Frontotemporale (DFT) en liaison étroite avec les équipes médicales de l’institut de la mémoire et de la maladie d’Alzheimer (IMMA).

Le(a) candidat(e) participera à des projets de recherche clinique sur les démences dégénératives au sein de l’ICM. Les projets de l’équipe portent sur les formes génétiques de DFT. Il s’agit de projets de recherche clinique et translationnelle, visant à identifier des marqueurs biologiques, d’imagerie cérébrale (IRM/TEP) et troubles cognitifs précoces de la DFT, et leurs bases neuroanatomiques.

Les données exploitées par le(a) candidat(e) sont issues de cohortes de patients DFT (Predict-PGRN PrevDemALS et RBM02-59).

Possibilité d’une activité de soins (consultations à l’IMMA) en complément de l’activité de recherche.

Le contrat est renouvelable et peut s’intégrer dans le cadre d’une thèse de sciences si souhaité.

Possibilité de participer à de nombreuses formations à l’évaluation cognitive des patients, aux outils statistiques et d’analyses d’imagerie au sein de l’institut (ICM) et de l’équipe clinique qui y est rattachée (IMMA).

Participation à des congrès nationaux et internationaux, intégration dans les réunions des consortiums de recherche, présentation des résultats aux congrès, participation aux publications de recherche.

Il/Elle participera au recrutement des patients, à leur évaluation clinique et à leur suivi, et à l’analyse des données.

Le(a) candidat(e) travaillera à l’interface de deux équipes de l’ICM : l’équipe BTWIN (génétique) et FrontLab (neurosciences cognitives) sous la responsabilité du Dr Isabelle Le Ber. Au sein de l’équipe, il/elle interagira avec des cliniciens chercheurs, chercheurs, cheffe de projet, neuropsychologues et orthophonistes, et personnel technique.

Il/elle interagira étroitement avec l’équipe clinique (IMMA) et l’équipe ARAMIS (analyses d’imagerie) ainsi qu’avec les nombreuses équipes de l’ICM et le LIB.

Travail en relation avec les équipes cliniques (IMMA),

 

PROFIL

Savoir-faire

  • Le(a) candidat(e) devra être neurologue expérimenté(e), titulaire d’un DES de neurologie (ou éventuellement en fin de cursus de formation).
  • Idéalement, un master, une bonne connaissance des pathologies cognitives et comportementales, des outils informatiques et des analyses statistiques et logiciels d’analyse d’imagerie seraient un plus. 
  • Responsabilité du bon déroulement des projets, de la réalisation des analyses, de l’évaluation des patients, des gestions de cohortes, publications et présentation aux congrès. Suivi bibliographique sur la thématique de recherche.

Savoir

  • Connaissance sur les DFT, cognition, statistiques, logiciels d’analyse d’imagerie
  • Bonne maitrise de la langue française et anglaise

 

Savoir-être

  • Bonne intégration dans les équipes de recherche, respect des autres, respect des horaires de travail, des règlements au sein de l’ICM et de l’IMMA, BPC.
  • Capacité à travailler en équipe, dynamisme, autonomie, et curiosité scientifique.

Un(e) post-doctorant(e) (H/F)

Le(a) post-doctorant(e) recruté(e) sera en charge d’un programme de recherches visant à caractériser in vivo dans un modèle génétique d’épilepsie-absence les effets aigus et les effets à long-terme de stimulations magnétiques de basse intensité (LI-rTMS) sur la fréquence de survenue et la durée des crises. Le(a) chercheur(se) devra notamment réaliser des enregistrements EEG combinés à des enregistrements intracellulaires chez des animaux ayant reçu une session unique (effet aigu) ou des sessions répétées (effet à long-terme) de stimulations magnétiques. Le travail expérimental du (de la) chercheur(se) recruté(e) sera réalisé dans l’équipe de Stéphane Charpier au sein de l’ICM. Une expérience dans un laboratoire de recherche en électrophysiologie depuis plus de 5 ans est requise.

Missions principales :

  • Réalisation d’enregistrements EEG, LFP et intracellulaires de neurones corticaux dans un modèle de rongeur in vivo.
  • Analyse et traitement des signaux électrophysiologiques
  • Marquage intracellulaire ou juxta-cellulaire in vivo des neurones, perfusion, traitement histologique, reconstruction 3D (avec l’aide d’une histologiste)
  • Rédaction de publications scientifiques
  • Supervision d’un étudiant en thèse
  • Enregistrements EEG et LFP chez des animaux vigils ayant subi 10 jours de stimulation avec l’aide de la plateforme Phenoparc

 

Savoir-faire

  • Maîtrise des techniques d’enregistrements intracellulaires et extracellulaires (EEG, LFP, multi- et single-unit) in vivo
  • Maîtrise des outils informatiques permettant l’analyse des données (Spike2, MatLab, Origin, Igor)
  • Maîtrise des techniques de marquage cellulaire in vivo
  • Fabrication d’électrodes

 

Savoir

  • Doctorat en Neurosciences ou équivalent
  • Formation à l’expérimentation animale (niveau 1 et niveau de chirurgie souhaitable)
  • Expertise théorique en électrophysiologie cellulaire et de réseau
  • Connaissances approfondies en physiologie animale et en anesthésiologie
  • Connaissances en électronique
  • Connaissance des techniques de pharmacologie et d’immunohistochimie
  • Connaissance théoriques et techniques en LI-rTMS
  • Maîtrise de l’anglais écrit et parlé

Savoir-être

  •  Autonomie, sens de l’initiative, sens du contact