Archives

Un(e) ingénieur d’études en analyse d’image de microscopie Lightsheet (H/F)

CDD de 18 mois – à pourvoir rapidement

 

La plateforme de microscopie ICM.Quant, propose son expertise dans les domaines de la microscopie électronique et photonique appliquée aux neurosciences. La plateforme est équipée des dispositifs nécessaires pour la préparation des échantillons, d’un microscope électronique à transmission, de 24 microscopes photoniques, ainsi que de sept postes dédiés au traitement et à l’analyse des données.

L’équipe de la plateforme ICM.Quant est constituée de 8 ingénieurs, dont 2 spécialisés en microscopie électronique, 4 en microscopie photonique, un spécialiste en analyse d’image et un responsable opérationnel.

Au fil des dernières années, de nombreux développements techniques ont permis l’émergence de nouvelles techniques d’imagerie moléculaire 3D du cerveau à haute résolution, par la combinaison de microscopie en feuillet de lumière (« Lightsheet microscopy ») et de transparisation tissulaire. Cependant, ces techniques restent hors de portée de la plupart des neurobiologistes, du fait de la complexité associée à l’analyse des données d’imagerie produite.

L’Ingénieur d’études sera affecté à la Plateforme de microscopie ICM.Quant de l’Institut du Cerveau. Cette plateforme est ouverte à toutes les équipes de l’institut ainsi qu’à des équipes externes, qu’elles soient académiques ou industrielles.

L’ingénieur aura pour mission principale de participer à des projets de pointe en imagerie cérébrale par microscopie Lightsheet en assistant les utilisateurs de cette technique avec l’analyse de leurs données.

 

Activités principales

• Mettre en œuvre et développer des méthodes d’analyse et de traitement d’image pour l’analyse de données 3D de microscopie Lightsheet de tissus clarifiés.

• Devenir expert du logiciel ClearMap et d’autres logiciels dédiés pour l’analyse quantitative d’images de fluorescence 3D.

• Conseiller les chercheurs sur le choix des logiciels et des méthodes de traitement et d’analyse d’image pour la microscopie Lightsheet.

•Effectuer des présentations et des formations afin d’assurer un transfert de connaissances et de compétences.

· Rédiger des protocoles et des tutoriels à l’attention des utilisateurs.

· Assurer la liaison avec le l’équipe de recherche de Nicolas Renier (experte dans le développement d’outils de microscopie Lightsheet) pour un transfert d’expertise vers la plateforme et avec le service d’analyse d’images de la plateforme « Data Analysis Core » de l’institut.

· Mettre en place les bonnes pratiques de gestion des données et de programmation.

 

Activités associées

· Contrôler l’utilisation collective des postes de travail ClearMap.

• Assurer une veille scientifique.

· Participer aux activités des réseaux professionnels.

· Diffuser et valoriser les résultats des développements méthodologiques par des présentations orales et des publications scientifiques.

 

PROFIL

 

DIPLOMES

· Master 2 ou supérieur en imagerie, informatique ou discipline connexe.

 

Connaissances

• Maîtrise du traitement du signal et du traitement d’images.

• Compréhension des bases théoriques de la microscopie à fluorescence.

• Connaissances en neurosciences serait un plus.

• Anglais technique courant.

 

Savoir-faire

  • Excellente maîtrise en traitement d’images multi-dimensionnelle de microscopie à fluorescence.
  • Aptitude à apprendre de nouveaux logiciels et à s’adapter rapidement à de nouveaux environnements techniques.
  • Compétence pour créer/adapter des processus d’analyse d’images automatisés.
  • Maîtriser les outils de bureautique et les logiciels de communication.
  • Compétence avancée en Python et ses environnements de développement associés.
  • Aptitude à debugger et programmer en Python sur un logiciel en développement.
  • Capacité à coordonner plusieurs projets simultanément et à gérer des délais serrés.
  • Aptitude à rédiger des documents techniques clairs et concis en anglais et en français.
  • Compétence dans la présentation des résultats devant un public pluridisciplinaire, en anglais ou en français.
  • Forte capacité à gérer les relations avec les collègues au sein de la plateforme et des équipes de l’Institut.

 

Savoir-être

· Sens du relationnel et du travail en équipe.

· Curiosité intellectuelle et esprit d’initiative.

· Autonomie.

· Sens du service.

· Rigueur, organisation et respect des délais.

 

L’Institut du cerveau s’engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités.

Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.

 

CV à envoyer à : recrutement@icm-institute.org et quant@icm-institute.org en indiquant

Poste «Ingénieur en analyse d’image de microscopie Lightsheet»

Un(e) Ingénieur d’études (H/F) – Projet DBS

POSTE

 

 

 

CONTEXTE

 

 

DBS : des mutations géniques aux dysfonctionnements moteurs et à leur restauration

DBS est un ambitieux projet interdisciplinaire, collaboratif et multi-modèle à l’Institut du Cerveau. En alliant l’expertise de différentes disciplines, l’objectif est de développer de nouvelles stratégies de préservation des cellules dopaminergiques et la stimulation cérébrale profonde des circuits résilients dans la maladie de Parkinson.

 

Projets d’Intérêt Collectif – Collaboratifs, interdisciplinaires, innovants & transformateurs

Dans le cadre de DBS, nous procéderons au recrutement d’ingénieurs d’études dédiés à chaque projet d’intérêt collectif qui seront supervisés conjointement par deux chefs d’équipe de l’Institut, experts dans leurs domaines respectifs. Les jeunes chercheurs recevront une formation interdisciplinaire dans le domaine auquel ils n’ont pas encore été formés, que ce soit la génétique, la physiologie cellulaire, l’imagerie, l’optogénétique, le comportement ou la modélisation.

Nous visons à attirer des chercheurs interdisciplinaires de haut niveau en donnant accès à des installations de recherche de classe mondiale ainsi qu’à une double supervision d’experts dans leurs domaines. Vous ferez partie d’une communauté dynamique de jeunes chercheurs au sein d’un environnement hautement collaboratif.

Dans le projet « liens pouvant exister entre des mutations candidates de la maladie de Parkinson aux défauts moteurs chez les organismes modèles génétiques & aux dysfonctionnements cellulaires au sein de cellules dérivées de l’homme », le candidat sera accueilli par Nicolas BIZAT (Haïk-Potier) et Suzanne LESAGE (Corti-Corvol).

 

  • Position organisationnelle dans la structure

Au sein de l’équipe de Physiopathologie Moléculaire de la Maladie de Parkinson (Corti-Corvol), nous menons depuis de nombreuses années des projets de recherche visant à comprendre les mécanismes cellulaires associés à la physiopathologie de la maladie de Parkinson et de ses formes familiales. Le candidat retenu travaillera en étroite collaboration avec l’équipe des Maladies d’Alzheimer et à Prions, dirigée par M.C. Potier et S. Haïk, qui utilise le modèle génétique Caenorhabditis elegans pour certains projets. Cette collaboration sera supervisée par Nicolas Bizat, expert dans l’utilisation de ce modèle. La personne choisie sera en interaction constante avec les autres membres de l’équipe, y compris les ingénieurs et les étudiants.

 

  • Attractivité et contraintes, etc…

L’Institut du Cerveau de Paris est un établissement multidisciplinaire exceptionnel qui rassemble des cliniciens, des équipes de recherche de pointe et des installations technologiques avancées. Le candidat retenu rejoindra une équipe de renommée nationale et internationale dans le domaine de la maladie de Parkinson. Il passera la plupart de son temps dans des installations dédiées aux nématodes, tout en utilisant diverses plateformes technologiques telles que l’imagerie cellulaire, la bactériologie et l’histologie.

En plus de ses responsabilités principales, le candidat aura l’opportunité de s’impliquer dans d’autres projets connexes en fonction de sa curiosité et de son enthousiasme.

 

 

 

Missions principales

 

L’objectif principal de la personne recrutée pour cette étude sera de développer des modèles expérimentaux chez le nématode C. elegans afin de valider certains gènes candidats associés à la maladie de Parkinson et ayant des orthologues chez le nématode, obtenus par séquençage d’exome. Les nouveaux gènes présélectionnés ont été préalablement identifiés à partir d’une large cohorte de patients atteints de la maladie de Parkinson recrutés par 25 Centres d’Experts en Parkinson répartis dans toute la France et les pays méditerranéens.

 

  • Responsabilités et Contributions

 

Le candidat retenu contribuera à l’évaluation in vivo des gènes d’intérêt chez C. elegans en utilisant diverses approches expérimentales, notamment :

– Le criblage génétique par des approches de knockout génétique (utilisation de mutants, interférence par ARN, création de lignées transgéniques, etc.).

– Des tests neuro-fonctionnels spécifiques.

– Des évaluations des morphologies neuronales.

– Des études des voies cellulaires et des protéines associées à ces gènes.

 

CONDITIONS DE COLLABORATION (facultatif)

  • Fourchette de rémunération brute annuelle : à partir de 28 000 € selon expérience

 

 

 

 

PROFIL

 

 

Savoir-faire

 

  • Expérience professionnelle acquise
  • Une expérience acquise dans l’utilisation de C. elegans et/ou de modèles (Drosophile, poisson-zèbre…) au niveau de la biologie cellulaire, génétique et biochimique.
  • Connaissances approfondies en immunomarquages, microscopie et vidéo-microscopie.
  • Expérience d’études d’expression et/ou de répressions de gènes.
  • Connaissances de base en biologie moléculaire (PCR, RT-qPCR).
  • Analyses informatiques d’images et de vidéos acquise sur des neurones.

 

  • Type et niveau de responsabilités exercées

Le(a) candidat(e) travaillera en autonomie sur le modèle C. elegans, renforçant de nouveaux axes méthodologiques pour des études qui lui seront associées au sein de l’institut. Le(a) candidat(e) aura en particulier la charge du développement et du maintien de lignées transgéniques.

 

 

Savoir

  • BAC+5, Master ou équivalent avec une solide expertise en biologie cellulaire et/ou du nématode C. elegans ou bien avec une importante motivation pour apprendre à maitriser le modèle.
  • Pratique de l’anglais (Scientifique) souhaitable.
  • Maîtrise des outils informatiques : Office, outils informatiques liés à la microscopie, traitement d’images, notions en biostatistiques.

 

Savoir-être

  • Capacité à travailler de manière autonome
  • Faire preuve d’une rigueur scientifique
  • Aisance relationnelle

 

 

L’Institut du cerveau s’engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités. Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.

 

CV, lettre de motivation ainsi que les coordonnées de deux références à envoyer à : nicolas.bizat@icm-institute.org; suzanne.lesage@icm-institute.org et joana.guedes@icm-institute.org en indiquant Poste « DBS Ingénieur d’études (H/F) »

 

CV à envoyer à : recrutement@icm-institute.org en indiquant Poste « DBS Ingénieur d’études (H/F) »

Un(e) Ingénieur d’études (H/F) – CENIR PANAM

POSTE

Les plateformes d’électrophysiologie humaine (plateforme d’analyse du mouvement, d’electro-encéphalographie_EEG, de magnéto-encéphalographie_MEG, méthodes de stimulation non-invasives) sont spécialisées dans l’étude du comportement moteur, cognitif et émotionnel chez l’être humain. Ces plateformes sont équipées de systèmes d’enregistrement pour l’analyse quantifiée du mouvement (plateforme de force (AMTI), d’électrodes EMG de surface sans fil (ZeroWire), d’un système optoélectronique muni de 13 caméras infrarouges (VICON)), de systèmes de recueil EEG (sans fil, à électrodes actives, …) et MEG, d’un système de mesure des mouvements oculaires (MOC), et de systèmes de stimulation électrique (tCS) et magnétique (TMS) non -invasives.

 

Missions principales

  • L’ingénieur.e d’études en techniques expérimentales est chargé d’organiser l’activité au sein de la plateforme d’analyse du mouvement.
  • Il/elle contribue à l’activité au sein des autres plateformes électrophysiologies, EEG et MEG.

 

Activités principales

  • Coordonner la gestion des équipements nécessaires aux différentes expérimentations à venir et en cours, sous la responsabilité des directeurs opérationnels de ces plateformes, et en lien avec les techniciens d’acquisition.
  • Préparer et vérifier le bon fonctionnement des équipements (ordinateur d’acquisition, systèmes logiciels) au sein de la plateforme
  • Mettre en place les expériences pour les utilisateurs (projets à venir, étude pilote…)
  • Participer au recueil, la mise en forme et l’analyse des données enregistrées, en coordination avec les investigateurs, en vue de leur interprétation
  • Proposer des évolutions dans l’acquisition et l’analyse des données en fonction des besoins nouveaux
  • Assurer la sauvegarde et l’organisation des données acquises (data management)
  • Organiser et contrôler l’utilisation collective des appareils
  • Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité d’utilisation des appareils
  • Participer à la mise en place d’une démarche qualité
  • Superviser les plannings d’utilisation des ressources de la plateforme

 

 

 

PROFIL

Savoir-faire

  • Il/elle saura mettre en œuvre les systèmes de prise de mesure, d’acquisition et de traitement des données
  • Il/elle aura des compétences approfondies en développement logiciel (MATLAB®, PYTHON)
  • Il/elle saura traduire une demande en spécifications techniques
  • Il/elle maîtrisera l’anglais technique lu et écrit

 

 

Savoir

  • Le/la candidat(e) aura une formation supérieure dans le domaine de l’instrumentation des équipements liés aux enregistrements (électrophysiologie et/ou biomécanique) (niveau Master, ou DUT, BTS)
  • Le/la candidat(e) aura des connaissances générales des instruments utilisés pour les enregistrements : analyse quantifiée du mouvement, EMG, TMS, MOC, EEG
  • Il/elle aura des connaissances générales en administration système (Windows)
  • Il/elle aura des connaissances générales en bonnes pratiques cliniques
  • Il/elle aura des connaissances générales en traitement du signal et statistiques

 

 

Savoir-être

  • Le/la candidat(e) s’intégrera dans une équipe dynamique et travaillera en étroite relation avec le responsable du projet et d’autres chercheurs/personnel technique, sous la responsabilité des responsables opérationnels/scientifiques des plateformes d’électrophysiologie.
  • Il/elle fera preuve d’une grande autonomie, d’un bon relationnel, ainsi que d’une bonne capacité d’interaction et de communication.
  • Le/la candidat(e) sera amené à être fréquemment en contact direct avec les sujets venant participer aux expérimentations (volontaires et patients atteints de pathologies neurologiques ou psychiatriques avec handicap)

 

 

CV à envoyer à : recrutement@icm-institute.org

Un(e) Ingénieur.e d’études en neurophysiologie et neuroimagerie chez le primate (H/F)

L’Institut du Cerveau est une Fondation privée reconnue d’utilité publique dont l’objet est la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un même lieu, 800 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie, dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau et les développements de traitements sur les maladies comme : Alzheimer, Parkinson, Sclérose en plaques, épilepsie, dépression, paraplégies, tétraplégies, etc.

 

POSTE

 

Comment les cerveaux des êtres sociaux donnent-ils un sens à leurs sociétés ?

 

Le groupe Neurophysiologie de la cognition sociale de l’Institut du Cerveau à Paris dirigé par Julia Sliwa recherche un.e ingenieur.e d’études intéressé.e par l’étude des bases neuronales de la cognition sociale. Nous étudions les mécanismes neuraux et neuronaux qui représentent la structure du réseau social des humains et des primates non-humains et transforment les perceptions sociales en connaissances sociales. Nous utilisons une combinaison de tests éthologiques chez les primates, de neuroimagerie (IRMf), de neurophysiologie et d’analyses de grands ensembles de données pour approfondir ces questions : www.sliwalab.org.

 

Mission :

 

Dans ce projet, l’ingénieur.e d’études travaillera sur la façon dont les différentes modalités sensorielles, y compris les sens peu étudiés de l’olfaction et du toucher, donnent naissance aux mêmes concepts sociaux sur les individus en utilisant une combinaison de neuroimagerie et de neurophysiologie. Ces approches constituent une première étape pour commencer à comprendre les mécanismes neuronaux qui sous-tendent la création de concepts sociaux chez les primates.

 

 PROFIL

 

 Savoir-faire

  • Bonnes connaissances en analyses statistiques et/ou en programmation (Python, Matlab ou un langage similaire)
  • Une expérience préalable de stage en IRMf ou en neurophysiologie in vivo ou chez les primates non humains.
  • La maîtrise de l’anglais est un plus.

 

Savoir

  • Les candidat.e.s doivent avoir obtenu (ou sont en cours d’obtention) un master en neurosciences ou dans un domaine connexe ou un diplôme d’ingénieur

  

Savoir-être

 Personne très motivée, partageant une passion pour les neurosciences, la data science ou/et les sociétés de primates.

 

Candidature : Les candidat.e.s doivent envoyer leur curriculum vitae et une lettre de motivation ainsi que le nom et coordonnées d’une (ou deux) personnes référentes capables de commenter leur parcours et qui ont accepté d’être contactées à julia.sliwa@icm-institute.org. Les demandes informelles ou de stage dans ce domaine sont les bienvenues.

  

CV à envoyer à : recrutement@icm-institute.org en indiquant Poste « IE en neurophysiologie et neuroimagerie chez le primate (h/f) »