Un(e) Ingénieur(e) d’étude(H/F) – Plateforme d’histologie

Poste à pourvoir : Dès que possible
Type de contrat : Contrat à durée déterminée
Domaine d'activité : Plateforme technologique
Type d'annonce : ICM

Au sein de la plateforme d’histologie, l’ingénieur(e) d’étude aura en charge des expériences de transcriptomique spatiale. Elle/il réalisera les coupes de tissus, dédiées à cette technologie innovante d’analyse d’expression de gènes. Elle/il effectuera les expériences de transcriptomique spatiale sur des automates de dernière génération, et assurera le suivi et l’interprétation des expériences, en lien étroit avec les plateformes de génomique et de bio-informatiques de l’Institut du Cerveau. Elle/il devra être capable d’interagir avec les équipes de recherche et discuter les résultats en Anglais et en Français.

Missions principales

  • Assurer la préparation et la coupe de tissus pour les expériences de transcriptomique spatiale.
  • Réaliser les expériences d’immunohistochimie et/ou de colorations histologiques, nécessaires à la sélection de régions d’intérêt pour la transcriptomique spatiale
  • Mettre en place des workflows avancés pour la transcriptomique spatiale, par exemple : segmentation d’images, quantification de la distribution de transcrits et/ou protéines
  • Réaliser les premières analyses de standards des données de transcriptomique spatiale
  • Organiser et contrôler l’utilisation collective des appareillages et des postes de travail
  • Maintenir, répertorier et promouvoir les techniques de transcriptomique spatiale, sous la direction des responsables opérationnel et scientifique de la plateforme
  • Former les scientifiques à l’utilisation des techniques de transcriptomique spatiale et rédiger des procédures
  • Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d’analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi
  • Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques
  • Travailler en étroite collaboration avec les équipes scientifiques, la plateforme de génomique et d’analyse de données, pour mettre en œuvre des protocoles innovants permettant de localiser et de quantifier, de manière fines, l’expression de gènes ou de protéines.
  • Participer aux réunions de projet
  • Communiquer sur les avancées des techniques de transcriptomique spatial lors de conférences scientifiques (internes et externes) ou dans des journaux scientifiques
  • Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité et mettre en œuvre une démarche qualité et un suivi métrologique des équipements
  • Assurer la veille scientifique dans ce domaine émergeant

 

PROFIL:

  • Diplôme requis : Licence à Master ou équivalent
  • Expérience professionnelle acquise :  3 à 5 ans
  • Très bonnes connaissances en histologie (coupes, coloration histologiques et immunohistochimie), et en particulier de l’histologie du système nerveux
  • Très bonnes compétences en biologie moléculaire (ISH, RNAscope, FISH…)
  • Bonnes connaissances des techniques de génomique (extractions d’ARN, qPCR, RNAseq…)
  • Notion en analyse de données souhaitée mais non requise (langage R et /ou Python)
  • Très bonne capacité rédactionnelle et de communication scientifique (Anglais et Français)
  • Maîtrise des outils informatiques
  • Autonomie et rigueur
  • Excellente capacité d’organisation
  • Excellente capacité de travail en équipe multidisciplinaire