INGENIEUR DE RECHERCHE « Data manager d’enregistrements intracérébraux multi-niveaux neurophysiologiques » (h/f)

Poste à pourvoir : Dès que possible
Type de contrat : Contrat à durée déterminée
Domaine d'activité : Equipes scientifiques
OBJECTIFS :

 

Le candidat sera en charge de la gestion d’une base de données unique, ayant déjà inclus plus de 60 patients épileptiques.

Cette base inclue des enregistrements EEG obtenus par des électrodes intracérébrales, placées dans le but d’identifier l’origine des crises chez des patients ayant une épilepsie qui résiste aux traitements médicamenteux, et de leur proposer une exérèse neurochirurgicale de cette région focale. Les signaux sont recueillis dans leur intégralité, 24 heures sur 24, et 7 jours sur 7, ceci durant 2 à 3 semaines. Plus d’une centaine de contacts d’électrodes sont enregistrés en continue. De plus, des microélectrodes sont implantées afin d’effectuer des mesures ‘microscopiques’ des activités de petits groupes de neurones. Enfin, d’autres signaux sont recueillis : des électrodes EEG de scalp, l’ECG, des mesures musculaires afin de pouvoir définir les différents stades de sommeil. Ces signaux sont acquis à l’aide d’un amplificateur ‘recherche’ dans l’Unité d’épilepsie, puis transférés via une fibre optique vers des serveurs de l’ICM. Des nouveaux enregistrements sont réalisés environ une fois par mois.

 

Le candidat devra effectuer plusieurs missions en lien avec la base :

A. Vérification de son intégrité, et de sa sauvegarde, en interaction avec le service Informatique de l’ICM. Gestion des différents serveurs de stockage et de calcul. Au total, l’ensemble des données recueillies pour chaque patient dépasse 1 To.

B. Analyse ‘qualité’ : identification des différentes périodes où le signal est trop artéfacté, et rejet de ces périodes pour les analyses ultérieures. Différentes approches devront être mises en jeu : analyse visuelle au travers d’un logiciel de visualisation des données, et analyse automatisée

C. Analyse des signaux :

1) analyse des signaux EEG :

– Analyse Temps-fréquence, dans différentes bandes de fréquence, sur l’ensemble des électrodes et durant la totalité des enregistrements (en moyenne 15 jours)

– Analyses bivariées, mesurant les liens entre les signaux, comme la synchronie de phase, dans différentes bandes de fréquence.

2) analyse des signaux des micro-électrodes

– Analyse des activités multi-unitaires, obtenues après filtre des basses fréquences.

– Identification de neurones uniques (ou « spike-sorting »), par la morphologie unique de la forme du potentiel d’action, et des propriétés de décharge. Le candidat devra utiliser et enrichir la méthodologie de spike sorting développée dans l’équipe utilisant Matlab et Spyking-Circus, développé par Pierre Yger à l’Institut de la vision. Un développement important devra être effectué afin d’effectuer ces analyses sur des données de longue durée, afin de définir s’il est possible d’identifier le même neurone, durant plusieurs jours de suite. Différentes mesures seront appliquées pour quantifier les fluctuations de ces décharges au cours du temps : fréquence moyenne, régularité de décharge, tendance à décharger en « bouffées ».

3) mesure des propriétés de l’ECG.

4) Mesure des états de vigilance des patients :

– Polysomnographie : identification des différents stades de sommeil. Différentes mesures seront évaluées, et comparées à un scoring manuel, de référence fait par un médecin, sur les 3 premières nuits d’enregistrement.

-d’autres mesures seront employés pour quantifier l’activité des patients (EMG, accéléromètre, etc)

SAVOIR:

– Connaissance des langages Matlab, Python, Gitub

– Connaissance des outils d’analyse des signaux

– Connaissance en statistique

SAVOIR-FAIRE:

– Gestion de bases de données

– Gestion de bases d’analyses multi-modales

SAVOIR – ÊTRE:

  • autonome, travaillant au sein d’une équipe de recherche
  • organisé, car responsable de plusieurs projets
  • rigoureux
  • sociable, car amené à interagir avec une grande diversité d’interlocuteurs (médecins, chercheurs, post-doctorants, neurochirurgien…)
  • curieux

être à l’écoute des besoins de l’équipe pour proposer des solutions adaptées.